La ubicación de Numancia desapareció durante la invasión musulmana, apareciendo en los primeros años de la Reconquista citado el nombre del actual Garray, como Garrahe o Garrafe, aludiendo a su ocupación anterior: “que es ciudad antigua y desierta”. De tal manera se borró la memoria de Numancia en la Edad Media, que los Reyes de León indican, en el siglo X, que fundan Zamora, la capital de su reino, sobre la antigua Numancia, buscando bases de identidad para su reino y su nueva capital en el pasado indígena (La Diócesis Eclesiástica se llamó también Numantina).
Esta falsa atribución se rectificó hacia 1409, llevándola a tierras de Soria; después Antonio de Nebrija (comienzos del s. XVI) la situó en su verdadero lugar, siendo reforzada esta ubicación en Garray con poderosos argumentos históricos por Ambrosio de Morales en la segunda mitad del siglo XVI, y asegurada con firmes razones topográficas en 1612 por Mosquera de Barnuevo, quien se apoyó en el documento del Acta de deslinde de Navarra y Castilla de 1016, donde se decía: "ibi est Garrahe antiqua civitate deserta et at flumen Duero". No obstante, el Ayuntamiento de Zamora estuvo premiando trabajos, que aportaran argumentos sobre la ubicación de Numancia en Zamora hasta el siglo XIX. A mediados del siglo XVI, corresponde la primera reconstrucción de Numancia y el cerco romano, imaginada por Lipsio, que la recrea en un grabado a partir de la descripción de los textos clásicos con fuertes influencias medievales.