Los primeros restos de ocupación humana en La Muela son de hace unos 4.500-3.600 años (finales del Calcolítico e inicios de la Edad del Bronce). Se conocen más de un centenar de objetos de piedra, unos tallados: láminas retocadas o cuchillos, y otros pulimentados: hachas, azuelas y algunos cinceles.
Con estos útiles de piedra aparecen los primeros elementos metálicos, realizados en cobre, como las puntas de jabalina y hojas de puñal con lengüeta para el ajuste de la empuñadura, realizada en madera o hueso, que acompañan habitualmente a los ajuares de los enterramientos con cerámicas campaniformes y poblados, como el que el Profesor A. Schulten encontró debajo de los restos romanos del castillo ribereño de El Molino de Garrejo. Se trataría de pequeños grupos, con un reducido número de cabañas de sencilla construcción, a base de entramado vegetal y barro, en función de los desplazamientos estacionales, propios de pueblos pastores. Hasta casi un milenio después no se tienen noticias de nuevas ocupaciones, momento que hay que situar en el siglo IX a.C., ya que excavaciones recientes, realizadas en la muralla norte, han puesto al descubierto un nivel del Bronce Final, por debajo de la muralla celtibérica, que ha proporcionado fechas por C-14 de 830+-50 a.C. Este nivel de ocupación, se caracteriza por cerámicas realizadas a mano, de formas bitroncocónicas, con decoración incisa, excisa y acanalada, así como otras de superficies grafitadas. Además, se ha localizado una pequeña zanja, que debió servir para sujetar un vallado, que delimitaría y protegería el poblado, relacionado con grupos móviles que frecuentaron recurrentemente este cerro en sus estancias temporales hasta siglo VII a.C. En contra de lo apuntado, en estudios anteriores, no existen restos significativos que permitan hablar de una ocupación continuada desde este momento hasta el inicio de la primera ciudad celtibérica, que tuvo su origen avanzado el siglo III a.C., como muestran las fechas de C-14.